Emerging nous présente trois personnages principaux. Les professeurs sus-cités, et une jeune fille, Akari, qui a été contaminé par le dit virus. Si on sait désormais ce qui a contaminé Akari, un virus émergent très contagieux, on ignore toujours comment l’éradiquer. Pour les scientifiques, chaque minute compte désormais puisque les premiers tests ont conclu à un agent hautement pathogène qui ne laisse aucun espoir de guérison. Sekiguchi est de plus en plus débordé, les messages annonçant de nouvelles contaminations se succèdant par milliers. Toujours aucune piste pour sauver la ville de Tokyo de l'éradication pur et simple. Pourtant, un évènement va tout changer : le petit ami d'Akari va lui rendre visite, bravant tous les dangers, et va jusqu'à l'embrasser. Contre toute attente, l'individu ne semble pas avoir contaminé par le virus. Après quelques tests, il s'avère en réalité qu'il a été déjà exposé à la menace, mais que son organisme a fabriqué des anti-corps contre le fléau. Voilà qui va relancer l'espoir des scientiques et peut etre déboucher sur un remède cohérent pour déboucher sur un "Happy End".