Avec seulement 512 Mo de mémoire flash intégrée, certains utilisateurs doivent déjà jonger entre les sauvegardes de jeux Virtual Console, WiiWare ou encore des chaines Wii, pour avoir suffisament de placer sur leur console. En outre, avec l'arrivée des contenus téléchargeables sur la console, le peu d'espace de stockage risque de devenir rapidement un problème de masse. Problème aujourd'hui reconnu par Reggie Fils-Aime, président de Nintendo of America.

Ce dernier déclare en effet dans EDGE que Nintendo se pose la question du stockage des données sur la Wii. Un certain nombre de possibilités sont évoquées, mais Reggie ne mentionne aucun détail précis.