Dans Pokémon Rubis Oméga et Pokémon Saphir Alpha, les joueurs auront la possibilité de bâtir leur propre Base Secrète, une zone personnalisable où ils pourront donner libre cours à leur imagination pour accueillir leurs visiteurs de manière originale, en les entraînant dans un labyrinthe ou en leur faisant traverser divers pièges. Il leur sera également possible d'établir leurs propres règles de combat pour faire de leur Base Secrète une véritable Arène Pokémon !
 
Les joueurs auront également la possibilité de partager leur Base Secrète avec les Dresseurs du monde entier grâce à la fonctionnalité StreetPass de leur console Nintendo 3DS ou Nintendo 3DS, ou en générant un QR Code unique permettant à leurs amis de les retrouver plus facilement. En visitant d'autres Bases Secrètes, les joueurs rencontreront d'autres Dresseurs et pourront interagir avec eux et les affronter au combat. Ils pourront aussi inviter le joueur à qui appartient la base à devenir un Ami Secret. Les Amis Secrets disposent d'aptitudes qui s’avèreront utiles au cours de l'aventure : ils peuvent partager des éléments de décoration, permettre à un Œuf d'éclore plus rapidement, ou même aider un Pokémon à monter d'un niveau. Plus un joueur possède d'Amis Secrets dans sa Base Secrète, plus il disposera d'aptitudes pour l'aider au cours de ses aventures. 

Les joueurs peuvent également s'emparer de drapeaux lorsqu'ils visitent d'autres Bases Secrètes. Ceux-ci sont situés à côté du PC Secret installé dans chaque Base Secrète. Plus un joueur possède de drapeaux, plus son rang augmente, ce qui permet à ses Amis Secrets d’apprendre de nouvelles aptitudes.