XVIème siècle, Marie Stuart, veuve du roi de France, retourne dans sa patrie ancestrale. Son demi-frère a régné en son nom depuis le départ de Maie pour la France. L’Écosse, bien qu'indépendante de l'Angleterre, a suivi l'entrée de sa sœur dans la religion protestante. Marie Stuart, elle, est catholique. Son arrivée pose donc de nombreux problèmes. Des problèmes qui s'étendent lorsqu'il devient clair qu'elle souhaite garder sa couronne. Certains conseillers sont forcés de partir bien qu'elle tente de créer une tolérance religieuse pour son peuple. De plus, elle souhaite être reconnue comme l'héritière d'Élisabeth pour le trône d'Angleterre. Une reconnaissance qui créerait des problèmes importants pour un royaume qui refuse un retour au catholicisme. Les deux reines tentent de se parler alors que leurs conseillers intriguent au sein de leurs cours respectives.

La bande annonce laissait évoquer un film qui montrerait une relation conflictuelle entre deux reines. Mais ce conflit n'est que peu présent. Les deux reines ne se voient, dans le film, qu'une unique fois et s'écrivent bien davantage. Ces lettres montrent, selon le long métrage, un souhait de créer une relation de respect et d'amitié mutuel entre deux personnes à la fois proches et différentes. En effet, là ou Élisabeth est montrée comme prudente, elle refuse de se marier par peur des intrigues, et âgée (bien que pas trop...) Marie est dépeinte comme jeune, belle, maternelle et courageuse. Alors qu'Élisabeth refuse d'entendre parler des intrigues contre Marie, cette dernière n'hésite pas à user d'armes et à prendre la tête d'une armée en armure. Là ou Élisabeth semble subir son conseil, Marie manipule tout le monde. Moins qu'une confrontation le film montre deux personnes différentes qui se retrouvent dans des situations équivalentes : être des reines qui gouvernent à des hommes qui usent d'intrigues. Justement, cette confrontation qui n'existe que peu est effacée par les actions masculines. Élisabeth annonce qu'elle est forcée à devenir un homme car se marier impliquerait le risque de perdre son pouvoir face à un homme qui souhaiterait devenir un roi. Marie se trouve dans ce problème. Son mariage est un moyen pour elle de sécuriser son statut. Mais rapidement les hommes de sa cour, et son mari, intriguent afin d'abaisser son pouvoir et de donner la couronne à un homme. Bien entendu, ces tentatives se basent sur la prétendue immoralité de la reine Marie, accusée de tromper son mari et de se remarier après avoir assassiné son premier époux. Ces attaques sur sa prétendue immoralité permettent de justifier sa longue déposition.