A cause de l'échec de la tentative de ramener leur mère à la vie, les frères Edward et Alphonse Elric sont marqués pour le reste de leur existence. L'un d'eux perd la vie et ne peut continuer à exister que dans une armure métallique, l'autre reçoit des membres artificiels. Les deux sont acceptés par les alchimistes de l'État afin qu'ils puissent recevoir une éducation adéquate. Cela leur donne également la possibilité de rechercher la "pierre philosophale". Ils se rapprochent assez de leur objectif lorsqu'ils rencontrent un groupe de personnes qui y travaillent. Le tout se termine presque par une débâcle, mais ils peuvent être sauvés. Cependant, Alphonse en particulier se retrouve avec des questions, ce qui conduit à une grave crise entre lui et son frère.

Le cinquième volume de Fullmetal Alchemist Perfect met fin à la scène flashback de la façon dont Edward et Alphonse se sont retrouvés dans leur état actuel. Alors qu'Edward était sur le point de partir, il se souvient qu'il doit prendre son évaluation pour rester un alchimiste d'État et se dirige vers une succursale voisine. Pendant ce temps, Alphonse sort et finit par se faire approcher par des personnes louches. Il est kidnappé et c'est alors qu'on nous présente un autre homoncule du nom de Greed qui veut savoir comment Alphonse a fait transmuter son âme sur son armure. Izumi s'inquiète et les traque, mais Greed indique clairement qu'il veut juste conclure un accord et a besoin d'informations d'Ed pour conclure ledit accord. Izumi retrouve Ed une fois qu'il revient de son évaluation; cependant, Ed a été suivi par King Bradley et Major Armstrong. Une fois qu'ils connaissent tous les détails, Ed part seul à la recherche d'Alphonse. Bradley, Armstrong et un peloton de militaires emboîtent le pas. Ed refuse de conclure un accord avec Greed et la scène se transforme en zone de guerre. Bradley finit par affronter Greed par lui-même et c'est alors que nous apprenons un petit secret sur Bradley ! Une fois la bataille terminée, Ed commence à se méfier un peu de l'armée. Pendant ce temps, on se retrouve avec Winry qui est confronté à notre vieil ami Barry le boucher ! Elle prend facilement soin de lui et appelle le colonel Mustang pour lui signaler qu'elle l'a capturé. Cela met fin à notre volume. Le mystère devient de plus en plus profond et il semble maintenant qu'il y ait également une collusion avec l'armée. Le volume a été principalement occupé par l'action, mais il y a eu aussi un excellent développement de personnage ici, notamment pour Alphonse qui a retrouvé ses souvenirs du moment où son âme a été capturé dans l'armure.