A cause de l'échec de la tentative de ramener leur mère à la vie, les frères Edward et Alphonse Elric sont marqués pour le reste de leur existence. L'un d'eux perd la vie et ne peut continuer à exister que dans une armure métallique, l'autre reçoit des membres artificiels. Les deux sont acceptés par les alchimistes de l'État afin qu'ils puissent recevoir une éducation adéquate. Cela leur donne également la possibilité de rechercher la "pierre philosophale". Ils se rapprochent assez de leur objectif lorsqu'ils rencontrent un groupe de personnes qui y travaillent. Le tout se termine presque par une débâcle, mais ils peuvent être sauvés. Cependant, Alphonse en particulier se retrouve avec des questions, ce qui conduit à une grave crise entre lui et son frère.

Le troisième volume de Fullmetal Alchemist Perfect commence avec Envy et Lust interrompant la bataille d'Ed dans le laboratoire n°5. Envy décide qu'il va laisser Ed vivre pendant que Lust démolit l'ensemble de l'établissement. Par la suite, Ed est dans une clinique privée en convalescence lorsqu'il appelle Winry pour qu'il vienne à nouveau réparer son automail. Pendant que tout cela se passe, ils reçoivent la visite du Fuhrer King Bradley, le chef de l'armée, qui les avertit qu'il pourrait y avoir des espions au sein de l'armée et que vous ne pouvez pas distinguer l'ami de l'ennemi. Il avertit le major Armstrong de ne plus enquêter sur cette question. Bien sûr, cela n'empêche pas le colonel Maes Hughes de creuser un peu plus profondément le sujet. Juste au moment où il pense avoir trouvé quelque chose, il est attaqué par Lust. Se souvenant de ce que Bradley a dit, il choisit de ne pas appeler Mustang et se rend à la cabine publique à la place. C'est là qu'il est attrapé par Envy, menant à l'une des scènes les plus tristes de l'histoire des anime / manga. Ed décide qu'il va rendre visite à son professeur afin de lui poser des questions sur la transmutation des humains. Winry remarque que Rush est sur le chemin, qui est la Mecque d'Automail. Elle veut désespérément partir, ce qui fait céder Ed et il accepte de l'emmener. Pendant son séjour à Rush, Ed finit par se faire voler sa montre de poche par un voleur nommé Paninya. Il la poursuit et la piège et c'est alors que Winry remarque qu'elle a un automail pour les jambes. Son automail est quelque chose qu'elle n'a jamais vu auparavant et souhaite rencontrer son créateur. C'est alors que nous sommes présentés à Dominic. Notre volume se termine lorsque Ridel et Satera, le fils de Dominic et sa femme, attendent leur enfant et c'est à Winry de livrer le bébé. Il y a tellement d'aspects dans ce volume, du point de vue de l'histoire. Nous avons également fini par obtenir une tonne de développement de personnages, de nouveaux protagonistes et de jolis liens avec eux dans l'histoire principale. Ajoutez quelques-unes des séquences d'action, et ce volume de Fullmetal Alchemist contenait tout ce que vous pourriez demander dans un manga. Bien que la fin ne soit pas un cliffhanger majeur ou quoi que ce soit, tout le contenu précédent vous a vraiment enthousiasmé pour le prochain volume. C'était comme si la série ralentissait vers la fin du volume avec l'histoire parallèle dans Rush; cependant, il semble que Winry grandira un peu en tant que personnage à cause de cela, donc ce n'est pas seulement une trame parallèle dans le but de rompre le rythme.