Dans les égouts de New York vivent quatre tortues parlantes et leur senseï, un rat maître des arts martiaux qui les a élevés et entraînés. Depuis quelques semaines, l'obscurité règne sur la ville à cause de Shredder et ses hommes. Les quatre tortues, encore adolescentes, décident de combattre pour protéger les citadins. Pendant ce temps April O'Neil, une jeune journaliste déterminée, observe les justicier en pleine action. Afin d'éviter d'être démasqués, Leonardo, Michelangelo, Donatello et Raphaël doivent la contacter, ce qui mène leurs ennemis sur leurs traces. Ces derniers ont l'intention d'infecter les habitants de New York avec un virus, afin de vendre l'antidote au gouvernement.

Une Megan Fox très peu convaincante, des sons de robots à la Transformers, une histoire simple soutenue par des effets spéciaux très présents, pas de doute, on retrouve la touche Michael Bay à la production. On plonge rapidement dans l'univers des comics d'antan, mais l'histoire nous est propulsée si rapidement qu'on ne s'attache à rien et qu'au final, on se demande se qui se passe vraiment dans le film. En outre, le long métrage manque d'effets visuels convaincants (surtout après la Planète des Singes et les Gardiens de la Galaxie), et les combats et chorégraphies de TMNT font sourire comparés à la majorité des films asiatiques. Il est évident que le film est davantage destiné aux enfants qu'aux trentenaires encore nostalgiques du dessin animée des années 1980.