Un jour, en se réveillant, Seiji découvre avec stupeur qu'à la place de sa main droite, il y a maintenant une fille, Kasuga Midori, et qu'en plus elle est folle de lui. Il va alors devoir gérer tant bien que mal cette nouvelle situation.

Après avoir posé les bases dans le premier opus, Midori Days continue de nous compter le quotidien parfois difficile, mais aussi très drôle (et souvent carrément loufoque) de Seiji et Midori. Il sera également question de la découverte du passé de nos deux héros, et des leurs évolutions, à l'insu de leur plein gré ?