Il semblerait que certains joueurs rencontrent un problème lors de l'installation du jeu Prototype sur PlayStation 3, un bug dont sont conscients les développeurs de Radical Entertainment (cf ici). Apparemment, sur certaines consoles, un message d'erreur peut apparaître et indiquer qu'il n'y a pas suffisamment  d'espace libre pour installer le jeu sur le disque dur alors qu'il y a pourtant plusieurs giga octets non utilisés. Radical a indiqué travailler sur un correctif, mais en attendant, le studio conseille d'effacer 700 Mo de données, ou au contraire installer un fichier volumineux, ceci afin de changer l'espace disponible sur le disque dur.