Super Mario 3DS offrira une contrôle gyroscopique pour compenser l'absence d'un stick analogique. Le capteur servira ainsi à déplacer la caméra. En revanche, Shigeru Miyamoto a précisé que le jeu ne sera pas compatible avec la fonctionnalité Street Pass, à moins qu'il trouve une idée spectaculaire d'ici le lancement du jeu.