Nintendo a procédé à une mise à jour du firmware de la Nintendo 3DS. On retrouve désormais la possibilité de switcher entre les thèmes de la 3DS directement depuis le menu Home, mais aussi la possibilité de prendre des photos sur les deux écrans à la fois dans le menu Home, ou encore la possibilité de télécharger les mise à jour des jeux depuis le menu Home.

Sur la New Nintendo 3DS, un réglage est également apparu dans les paramètres pour changer les options des amiibo (comme sur Wii U).