A l'occasion du Penny Arcade Expo, Capcom a expliqué pourquoi MegaMan Universe n'était pas prévu sur WiiWare, au contraire des précédents opus du robot bleu. En réalité, le jeu est trop volumineux pour être présent sur le Wii Shop Channel. Le système admet un poids limite de 43 Mo, et même si Capcom le voulait, il ne serait pas possible de compresser le jeu dans si peu d'espace.