Une nouvelle vidéo pour Assassin's Creed Shadows a suscité une vague de critiques au Japon et dans le monde entier. Dans la séquence en question, on peut voir un joueur détruire des parties du sanctuaire Itate Hyozu , un lieu de culte réel, provoquant l'indignation de ses représentants, qui ont déclaré ne pas avoir été consultés par Ubisoft au sujet de l'inclusion du sanctuaire dans le jeu. S’ils avaient reçu une demande, disent-ils, ils l’auraient refusée. Les autorités envisagent désormais de prendre des mesures contre l'action, alors que la controverse fait rage sur les réseaux sociaux. Cette controverse s’inscrit dans le cadre d’une série de critiques plus larges dirigées contre le jeu. Certains utilisateurs affirment qu'Assassin's Creed a en fait toujours inclus des événements controversés dans ses titres, comme la possibilité de frapper le pape dans AC2 ou de piller des églises dans Valhalla. Il s’agit ici de la représentation non autorisée d’un lieu sacré réellement existant.

Un autre point sensible concerne la figure de Yasuke, le samouraï africain au service d'Oda Nobunaga, qui dans Assassin's Creed Shadows est représenté comme un guerrier imposant, bien que les sources historiques ne confirment pas son rôle de samouraï combattant. Cela a suscité l’inquiétude des historiens japonais et des critiques même de la part des fans internationaux, qui craignent une réécriture trop romancée de l’histoire japonaise. En attendant, le sanctuaire n’est pas le seul cas de représentation historique controversée des Ombres. Le temple Todai-ji de Nara a également été inclus sans détails clairs sur l'accord avec Ubisoft, et le jeu a déjà utilisé des éléments culturels japonais sans autorisation, comme le drapeau du groupe historique Sekigahara Teppo-tai.

Ubisoft n'a pas encore répondu officiellement à la controverse sur le sanctuaire, mais compte tenu du précédent de Hogwarts Legacy et des modifications apportées par le passé pour tenir compte des sensibilités culturelles, il est possible que la société supprime ou modifie le contenu avant le lancement du jeu le 20 mars.