Dans Assassin's Creed Shadows , Ubisoft a décidé d'introduire deux protagonistes : Naoe , un shinobi expert en furtivité et en gadgets, et Yasuke , un samouraï axé sur le combat frontal. L'éditeur français a ensuite précisé que ce choix n'était pas aléatoire, car il était le fruit d'un travail de conception minutieux visant à satisfaire les différentes attentes des fans. En effet, profitant de la précieuse opportunité que représente une nouvelle interview , le directeur créatif Jonathan Dumont a expliqué qu'au départ, le jeu ne mettait en vedette qu'un seul protagoniste, mais que la combinaison des compétences d'un ninja et d'un samouraï était forcée et peu crédible.

L'équipe a donc opté pour deux personnages distincts pour préserver l'essence de chaque archétype. Naoe, par exemple, incarne le « fantasme ninja », utilisant des compétences d'escalade, des kunai, des grappins et des gadgets pour rester dans l'ombre et se déplacer avec agilité. Yasuke, au contraire, représente l'archétype du samouraï, avec un style de jeu plus direct et agressif, prêt à « enfoncer la porte d'entrée » et à affronter les ennemis de front. Cette dualité trouve ses racines dans le passé de la franchise, notamment dans Assassin's Creed Syndicate, où les deux protagonistes Jacob et Evie Frye avaient des styles complémentaires, quoique moins différenciés. Cependant, Dumont a souligné que le choix des deux protagonistes d'Assassin's Creed Shadows était davantage guidé par le gameplay que par la narration, dans le but de proposer un "fantasy complet" aussi bien pour les fans des premiers chapitres, plus orientés vers la furtivité et le parkour, que pour ceux qui ont apprécié le combat dynamique introduit avec Origins et poursuivi dans Valhalla.

Narrativement, Yasuke et Naoe reflètent non seulement deux « fantasmes japonais » différents, mais représentent également un pont entre les deux « époques » de la franchise Assassin's Creed. Dumont a défini Shadows comme le chapitre le plus complet de la saga, capable de satisfaire anciens et nouveaux fans grâce à un équilibre entre tradition et innovation.