2K Games a annoncé que la version PC de Bioshock 2 ne sera pas jouable avec une manette de jeu, pas même avec le contrôleur X360 (pourtant souvent employé dans les jeux Games for Windows). Aucun patch n'est d'ailleurs prévu pour solutionner ce problème, car cela demanderait de revoir tout l'équilibre du jeu PC.