A cause de l'échec de la tentative de ramener leur mère à la vie, les frères Edward et Alphonse Elric sont marqués pour le reste de leur existence. L'un d'eux perd la vie et ne peut continuer à exister que dans une armure métallique, l'autre reçoit des membres artificiels. Les deux sont acceptés par les alchimistes de l'État afin qu'ils puissent recevoir une éducation adéquate. Cela leur donne également la possibilité de rechercher la "pierre philosophale". Ils se rapprochent assez de leur objectif lorsqu'ils rencontrent un groupe de personnes qui y travaillent. Le tout se termine presque par une débâcle, mais ils peuvent être sauvés. Cependant, Alphonse en particulier se retrouve avec des questions, ce qui conduit à une grave crise entre lui et son frère.

Dans le septième volume de Fullmetal Alchemist Perfect, Barry le découpeur affronte une âme qui a été placée dans son corps d'origine. Bien sûr, plutôt que d'en être choqué, Barry veut la découper en déclarant que ce n'est pas tous les jours que l'on peut découper son propre corps. Les choses prennent une mauvaise tournure lorsque Envy et Gluttony arrivent. Heureusement, Hawkeye et Havoc étaient également postés à proximité pour aider à gérer la situation. Une bataille acharnée s'engage mais Envy et Gluttony sont rappelés et battent en retraite. Pendant ce temps, le Major Armstrong enlève Edward afin de le ramener à Risembool. Ce n'est qu'une couverture : il est emmené de l'autre côté de la frontière, à l'Est, où il rencontre une certaine personne qui a des liens avec le colonel Mustang. Là-bas, Ed est attaqué par des Ishvalans ; cependant, l'un de leurs aînés le laisse partir en raison d'une dette qu'elle a ressentie après que deux médecins amestres leur aient sauvé la vie. Il s'avère que ces médecins étaient les parents de Winry et nous avons un bel aperçu de leur histoire. Edward retourne à Risembool pour faire réparer son automate. Une fois sur place, il tombe sur son père Hohenheim. Edward le trouve debout sur la tombe de Trisha, sa mère. Ed n'est pas vraiment heureux de le voir, mais Hohenheim fait comme si rien ne s'était passé. Il retourne chez Pinako où il l'avertit d'une grande catastrophe qui s'abat sur le pays. Il veut qu'elle parte tant qu'elle le peut. Enfin, nous obtenons quelques détails sur le passé de Ling en tant que prince de Xing ainsi que sur le fonctionnement du gouvernement de ce pays. C'est assez intéressant. La fin arrive lorsque le colonel Mustang a besoin de l'aide du docteur Marcoh, mais avant qu'ils ne puissent l'atteindre, Envy et Gluttony lui rendent visite ! Beaucoup d'événements intéressants se produisent dans ce volume. Nous apprenons le destin de plusieurs personnages et nous faisons connaissance avec Edward et le père d'Alphonse. Il s'agit d'un autre excellent équilibre entre la progression de l'histoire, l'amélioration de certains détails du mystère qui deviennent de plus en plus évidents et le développement des personnages !