Scooby Doo et le Scooby gang se rendent à Metropolis, où le photographe du Daily Planet Jimmy Olsen a envoyé chercher Mystery inc. (via Daphné, qu'il prend pour sa petite amie car ils ont été élus « meilleur couple roux » lorsqu'ils étaient enfants en colonie de vacances), afin d'enquêter sur la disparition de la Justice League. Lorsqu'ils arrivent sur place, ils sont immédiatement attaqués par des méchants tels que Giganta, The Joker, Solomon Grundy, etc. Ils deviennent tous fous puisque Superman, Batman, Wonder Woman et les autres ne sont pas là. Pendant ce temps, Lex Luthor essaie d'amener le maire à lui vendre le siège de la Justice League, désormais abandonné, afin qu'il puisse le démolir.

Scooby-Doo & Krypto (Scooby-Doo & Krypto, Too) est un film d'animation qui fait partie d'une longue lignée de titres directement sortis en vidéo. L'intrigue est conçue comme un mystère typique de Scooby-Doo avec tous les éléments essentiels habituels tels que Scooby et Shaggy faisant n'importe quoi,  une liste de suspects, un piège et la recherche d'indices. Il faut reconnaître que ce n'est pas une mauvaise chose d'être une intrigue typique : Scooby-Doo est un exemple rare de franchise qui a réussi pendant plus de cinquante ans sans apporter de changements significatifs. Le seul moment où la franchise échoue, c'est lorsqu'elle tente de la redémarrer ou de la réimaginer (Voir : Scoob ! ). En tant que tel, même si c'est prévisible, c'est toujours amusant. Ce n'est pas la première fois que Mystery inc. a cependant eu un croisement avec des super-héros, car ils ont rencontré Batman plus d'une fois, y faisant même allusion dans l'histoire, ce qui est une belle touche. Ce qui frappe, c'est à quel point le film est plein d'action : il y a rarement une accalmie dans l'énergie du film, et dès qu'il démarre, on a droit à Mystery inc. être poursuivi dans la ville par les différents méchants de l'univers DC, et c'est une vitrine plutôt sympa de tous les différents personnages qui offre une petite variante de la poursuite classique de Scooby-Doo. Le Scooby gang est ici sous une forme très typique, chacun étant les personnages que vous connaissez. Les acteurs de soutien qui fournissent les suspects du mystère remplissent bien leurs rôles, et Lex Luthor rejoint le gang pour fournir un peu de soulagement comique pour la plupart du temps, et son rôle s'intègre très bien et ajoute quelque chose de nouveau et d'amusant, aux côtés de son chien , "Rex Luthor." Krypto apparaît à peu près à la moitié du film et, même s'il ne peut pas parler comme Scooby, il parvient toujours à capturer une personnalité de style Superman avec ses actions et constitue également un solide personnage de soutien. Comme mentionné, le rythme du film est assez implacable et il y a beaucoup de scènes d'action à haute énergie aux côtés des manigances typiques de Scooby-Doo. A noter que la sortie de ce film avait été initialement annulée à cause de la fusion Warner Bros Discovery, mais le long métrage a entretemps été entièrement divulgué en ligne, probablement par quelqu'un mécontent de la décision, ce qui explique désormais cette sortie en DVD. Il y a aussi trois épisodes bons de la série Scooby-Doo, avec en invité Wonder Woman, Batman et Flash, mais ils sont seulement en VOST.