Nintendo a lancé l'application mobile officielle Nintendo Store, permettant d'accéder à l'eShop depuis iPhone, iPad et appareils Android. Cinq ans après son lancement exclusif au Japon sous le nom de « My Nintendo », l'application est désormais disponible aux États-Unis, au Royaume-Uni, au Canada et dans la plupart des pays d'Europe. Son déploiement dans le monde entier ne devrait plus tarder. D'après la description sur l'App Store et le Play Store, l'application Nintendo Store permet de parcourir et d'acheter des consoles Switch et Switch 2, des accessoires, des jeux en version physique et numérique, ainsi que d'autres produits Nintendo.

Bien que la sélection d'un produit ouvre une page dans le navigateur de l'appareil et que les achats intégrés ne soient pas disponibles, cela reste une méthode plus pratique pour accéder à l'eShop que d'ouvrir manuellement le site dans un navigateur mobile. Un compte Nintendo et un identifiant en ligne sont nécessaires pour accéder à certaines fonctionnalités. Les utilisateurs peuvent consulter leur historique d'activité de jeu, notamment les jeux auxquels ils ont joué, quand et pendant combien de temps. Les données des consoles Switch, Switch 2, Nintendo 3DS et Wii U sont prises en charge, bien que les statistiques des deux dernières consoles ne soient disponibles que jusqu'en février 2020. Auparavant, ces informations n'étaient accessibles que via le contrôle parental. L'application permet également d'activer les notifications lorsque des articles de la liste de souhaits sont en promotion.