Ubisoft et Vantage Studios ont déployé la mise à jour 1.0.6 pour Assassin's Creed Black Flag Resynced. Ce patch améliore l'expérience de jeu grâce à plusieurs ajustements et corrections de bugs. Il est désormais possible de dissimuler la sarbacane dans le dos d'Edward, une modification apportée suite aux retours des joueurs. Le nombre de sauvegardes automatiques passe de cinq à dix, et un tutoriel sur le lancer d'argent a été ajouté. La mise à jour corrige également les problèmes de synchronisation des points de vue à La Havane, ainsi que des bugs liés aux caméras, aux animations et aux combats.

D'autres correctifs concernent le parkour, les batailles navales, les menus et les graphismes. La liste complète des modifications et corrections est disponible dans les notes de patch officielles .