Les thèmes Basic et Simple Colour Set peuvent être téléchargés gratuitement dans la boutique de thèmes (accessible par le biais des paramètres du menu HOME de la console Nintendo 3DS). Les joueurs faisant l’acquisition de The Legend of Zelda: Majora’s Mask 3D, Monster Hunter 4 Ultimate ou Ace Combat Assault Horizon Legacy + sur le Nintendo eShop recevront un code de téléchargement pour un thème bonus gratuit. Plusieurs autres thèmes sont proposés à l’achat.