L'intrigue de Final Fantasy 7 Rebirth et du remake en général reste fidèle à l'original, mais n'hésite pas à apporter quelques modifications. Cette solution a été conçue, comme indiqué à plusieurs reprises, pour maintenir l'intérêt élevé même de ceux qui connaissent déjà le jeu. S'exprimant dans une nouvelle interview, le producteur Yoshinori Kitase et le directeur du jeu Naoki Hamaguchi ont expliqué ce qu'ils attendaient du remake. En particulier, une grande affection envers leurs personnages s’est manifestée.

Kitase, en effet, a déclaré que si cela ne tenait qu'à lui, il déciderait de donner à chaque protagoniste une fin heureuse. Bien sûr, toutes les décisions ne dépendent pas de lui et il n'est pas certain que son souhait se réalise, mais en trente ans il a développé un véritable attachement pour les personnages de Final Fantasy 7. Les développeurs ont eu l'occasion d'expliquer comment le mélange d'humour et de drame dans leur jeu est le résultat de la passion de l'équipe de développement. Chacun des créateurs du jeu est avant tout un fan, qui a su alléger certaines parties avec des moments ironiques et drôles, sans enlever de la valeur à l'expérience générale et à la profondeur de l'intrigue.