Les animations de Super Mario Bros. Wonder étaient l'un des aspects les plus intéressants pour Nintendo. Les investissements dans ce domaine ont été énormes, également pour se rapprocher du style du récent film à succès. Le producteur Takashi Tezuka a expliqué qu'une grande partie des coûts de développement du jeu vidéo était consacrée à l'animation. Habituellement, l'accent est mis sur le gameplay, mais évidemment, dans ce cas, il a été jugé nécessaire de s'occuper également de l'aspect visuel.

Traditionnellement, nos coûts de développement ont été consacrés à l'expérience de jeu. Bien sûr, c'est fondamental. Mais cette fois nous avons voulu en consacrer une partie aux animations. Les gens qui viennent du film Super Mario le verront et penseront « c'est ce que fait Mario, c'est comme ça que Mario bouge » et nous voulons qu'ils expérimentent quelque chose de similaire dans le jeu.

Les effets de cet engagement renouvelé de Nintendo se feront sentir sous divers aspects et surtout dans les petits détails. La façon dont Mario bouge, dont il court et saute, sans parler de la variante Elephant Mario. Même les ennemis sont bien plus expressifs que par le passé.