Nintendo publiera bientôt de nouveaux morceaux pour F-Zero 99 , selon le site Web de Nintendo . Les itinéraires devraient apparaître fin septembre et début octobre. Selon Nintendo, la première mise à jour se concentrera sur les circuits de la Queen League, et les fans pourront s'attendre à découvrir les circuits de la King League en octobre. De plus, un dataminer a révélé que des modes supplémentaires pourraient arriver dans le jeu dans un avenir proche.

Le dataminer 'OatmealDome' écrit que les fichiers du jeu contiennent les modes "Arcade Mode" et "Survival Mode" inédits. Le mode Arcade propose apparemment « un minuteur et des portes chronométrées sur les pistes ». Le dataminer 'LuigiBlood' a également trouvé des informations sur certains fichiers inutilisés dans F-Zero 99 - dont l'un fait référence à une piste du jeu Satellaview BS F-Zero Grand Prix . Satellaview était un périphérique sorti au Japon en 1995 qui permettait de télécharger des jeux et du contenu sur la Super Famicom