Pendant ses aventures, Naruto rencontre beaucoup de personnages intéressants et surprenants, qui combattront à ses côtés ou contre lui. Dans Naruto : Rise of a Ninja, vous rencontrerez ces personnages dans le mode Story et aurez la chance de pouvoir en incarner certains dans le mode Combat, qui sera jouable offline et en Live. Ci-dessous se trouve la première partie des personnages jouables, d'autres seront annoncés plus tard, quand nous nous rapprocherons du lancement du jeu :

Naruto
Gaara
Kakashi
Kiba
Neji
Sakura
Sasuke
Zabuza