Après le PC, Fort Boyard donne lieu à une version sur Nintendo DS. Entièrement jouable au stylet, Fort Boyard DS reprend le concept de l'émission TV, et débute donc par la quête des fameuses clés, sept en tout. En effet, afin de pénètrer dans la salle du trésor, vous aurez à affronter les cellules retorses du fort, et leurs mécanismes piègeux. Concrètrement, chaque clé se récupèrera après avoir résolu un mini-jeu. Celà peut être de tenir en équilibre sur un tonneau tout en évitant les obstacles environnants, tirer une corde afin de mettre la main sur un coffre, déplacer un tonneau pour trouver la sortie, ou bien encore aller voir le Père Fouras pour résoudre ses célèbres énigmes.

La jouabilité du jeu est d'ailleurs fort simple, puisque chaque mini-jeu donne lieu à des explications de commande juste avant de les débuter. Toutes les actions se déroulant sur l'écran tactile, on oublie parfois de regarder le personnage avancer sur l'écran supérieur, il est vrai que le temps joue contre vous. Et il n'est pas conseillé de faire d'erreurs, sous peine de voir apparaître un Game Over prématuré. En somme, vous avez 9 épreuves pour espèrer récupérer les 7 fameuses clés. Une fois cela fait, place à la seconde étape, c'est à dire la recherche d'indices qui permettront de trouver le mot mystère qui libérera les Boyards.

Le concept ne varie ici pas des masses, mais se base davantage sur le réflexe, puisqu'il va falloir sauter à l'élastique, tenir en équilibriste au dessus d'un fil, monter un poteau, ou encore gravir la façade du fort. Cinq indices récoltés plus tard, les maîtres des Ténèbres font leur apparition, et vous pourrez y gagner le temps supplémentaire nécessaire à leur dernière étape, ou bien encore des indices, si vous ne trouvez vraiment pas le mot clé de la salle du Trésor.