Le royaume du Kongo est un nouveau venu dans Civilization VI et il est dirigé par Mvemba a Nzinga. Passé à la postérité en Europe sous le nom d'Alphonse Ier, Nzinga est connu pour avoir travaillé à la propagation du christianisme dans son empire, et modernisé celui-ci en multipliant les activités avec le Portugal.

Le chemin qui mena Mvemba a Nzinga au trône ne fut pas exempt de conflits, puisqu'en 1506, il dut venir à bout des forces de son demi-frère Mpanzu a Nzinga dans une bataille ouverte pour le pouvoir. On raconte qu'il en serait sorti victorieux grâce à l'apparition soudaine de saint Jacques le Majeur, qui ne manqua pas de briser le moral de l'adversaire (et on le comprend !), ouvrant du même coup la voie à l'adoption du christianisme pour tout le règne de Nzinga.

La relation qui unissait Nzinga aux Portugais était raisonnablement amicale au vu des circonstances, mais pouvait parfois s'avérer conflictuelle. Nzinga regrettait notamment leur participation dans le commerce de la traite des esclaves et se démena pour y mettre un terme. Une fois les deux pays alliés, le Portugal aida le Kongo à améliorer ses infrastructures et tenta de le convertir au christianisme. Ainsi, le Kongo accueillit des missionnaires portugais, grâce auxquels il put se moderniser via la construction d'écoles, mettre en place une noblesse mieux éduquée et profiter des talents des architectes portugais.

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